Seehunde und Kegelrobben sind wohl die bekanntesten Tiere Helgolands. Sie haben auf der Düne ihre Kinderstube und man kann die Tiere (natürlich mit respektvollem Abstand von mind. 30 Metern) rund ums Jahr beobachten. Aus einer Entfernung von midestens 30 Metern können Kegelrobben und Seehunde beobachtet werden, was ein einzigartiges Naturerlebnis darstellt. Während der Wurfzeit im Winter strömen Kegelrobben aus dem Wattenmeer und der gesamten Nordsee an die Strände der Düne, um dort ihre Jungen zur Welt zu bringen.

Helgoland ist auch bei Vogelbeobachtern sehr beliebt. An den berühmten Helgoländer Lummenfelsen und an der Langen Anna finden verschiedene Vogelarten wie Trottellummen, Basstölpel, Tordalke, Dreizehenmöwen und Eissturmvögel deutschlandweit ihre einzigen Brutplätze. Diese Tiere können in ihrer natürlichen Umgebung us nächster Nähe beobachtet werden, und die beeindruckende Geräuschkulisse der Vögel ist von Frühjahr bis Spätsommer zu hören. Aufgrund ihrer isolierten Lage ist die Insel auch ein günstiger Rastplatz für viele Zugvögel und wird im Frühling und Herbst zum Hotspot der Artenvielfalt. Sogar Hochseevögel können regelmäßig beobachtet werden.

Einst war der Hummer das heimliche Wappentier der Helgoländer. Etwa 40 Tonnen jährlich fing man in den 1930er Jahren. Vermutlich durch die Bombardierung der Insel und die versuchte Sprengung durch die Briten nach dem Zweiten Weltkrieg wurden der Lebensraum der Hummer stark beeinflusst. Sie reagieren sehr empfindlich auf jegliche Veränderung ihrer Umgebung. Heute ist der Hummer eine vom Aussterben bedrohte Tierart. Mit Hilfe der Biologischen Anstalt Helgoland des Alfred-Wegener-Institus wird versucht, die Hummerbestände wieder zu vermehren und die Artenvielfalt des Helgoländer Felssockels zu bewahren.

Im Jahr 1995 wurde der Pony-Club Helgoland gegründet. Dieser hat es sich zum Ziel gesetzt, das Grünland der Insel zu pflegen und somit den Pollenflug im Interesse des Nordseeheilbades Helgoland zu verringern. Zu diesem Zweck werden zwei Tierherden auf Helgoland gehalten. Sie tragen hauptsächlich dazu bei, das Gras im Oberland kurz zu halten, damit es nicht blüht, und die Luft pollenarm bleibt. Zudem sind die Galloways und Heidschnucken robuste Tierrassen und können das ganze Jahr über im Freien gehalten werden.